Tras giras interminables abandonó la banda The Pogues en 2001 y comenzó una carrera en solitario que lo llevó a colaborar con otros artistas irlandeses e internacionales, así como a formar un nuevo grupo.
Su salud, no obstante, comenzó a deteriorarse seriamente hacia 2010 y a partir de entonces se vio obligado a abandonar los escenarios, hasta quedar confinado en los últimos años a una silla de ruedas.
En 2018, Irlanda le rindió un merecido homenaje al cumplir 60 años, con un legendario concierto en el National Concert Hall de Dublín en el que participaron, entre otros, Bono (U2), Sinéad O'Connor, Nick Cave o Glen Hansard.
En ese acto, el presidente irlandés, Michael D. Higgins, le condecoró con un premio por su trayectoria profesional, en la que destacó no solo como cantante, sino también como músico, compositor y poeta.
MacGowan hubiese cumplido 66 años el próximo día de Navidad, en un periodo festivo en el que volverá a sonar este año con más significado su legendario tema "Fairy Tale of New York".
Atrás deja otro puñado de canciones míticas, como "Fiesta", "Streams of Whiskey" o "Rainy Night in Soho", así como versiones del folk tradicional irlandés interpretadas con su característica actitud punk.