Diez años después volvió a enfrentarse al cáncer, pero esta vez en el hígado. El intérprete suspendió en 2012 una gira cuando le fue detectada una anomalía en el hígado, lo que resultó ser un tumor, éste le fue extraído en su totalidad, pero también el 40 por ciento del hígado.
"Le di la bendición a mis hijos y me despedí de mi vieja, le pedí perdón si acaso le falté el respeto en algún momento", compartió el cantante durante una conferencia, la cual fue ofrecida en su rancho Los tres potrillos.
En 2013, el cantante superó una trombosis que le afectó las vías respiratorias, por lo cual se quedó sin voz por un tiempo. Dos años después entró al quirófano para que le fueran retiradas tres hernias ventrales.
Después de su concierto del adiós, el 16 de abril de 2016, tuvo una lesión en la columna vertebral debido a los muchos años de montar a caballo. En febrero de 2021, Vicente preocupó a sus fans por aparecer con la cara hinchada, más tarde su hijo Vicente Fernández Jr. explicó que se debía a la cortisona que debe tomar desde que le extirparon el tumor del hígado.